El líder golpista, general Yaffar al-Numeiry, se convirtió en primer ministro. El nuevo régimen abolió el parlamento y prohibió todos los partidos políticos. Las disputas entre las facciones marxistas y no marxistas dentro del gobierno militar llevaron en julio de 1971 a un alzamiento militar de carácter izquierdista, dirigido por el Partido Comunista de Sudán.
Numeiry fue destituido, pero tres días después, con el apoyo de Libia y Egipto, y de los elementos anticomunistas de su gobierno, logró recuperar el poder. Siguió una violenta represión de los comunistas.
En febrero de 1972, el gobierno de Numeiry logró firmar un acuerdo, en Addis Abeba, que ponía fin a la rebelión del sur. La guerra civil, que duraba desde 1955, se interrumpió durante diez años.
Numeiry procuró mejorar sus relaciones con las potencias occidentales, y muy especialmente con Estados Unidos, con quien restableció relaciones diplomáticas en julio de 1972.